Il contenzioso doganale riguarda gli aspetti impositivi, ma anche ciò che deriva dall'applicazione della normativa doganale (Art. 20, co.1 del Tuld).
Grazie ai vari controlli che la legge impone in merito all'entrata e all'uscita, al transito e alla circolazione delle merci tra i vari paesi, alla contraffazione, all'etichettatura, alla corretta indicazione geografica dei prodotti, i casi di contenzioso sono notevolmente aumentati: contestazioni mosse dall'ufficio procedente (durante la fase di accertamento dell'imposta o nella fase di revisione dell'accertamento della stessa; violazione di norme tributarie, che originano sanzioni penali o amministrative; violazione di altre norme che mirano a tutelare il consumatore.
Gli illeciti e i reati in materia doganale vengono risolti e trattati con il rito tributario o con quello penale o, come previsto dalle singole leggi, a seconda della violazione dal Giudice civile ordinario o da quello amministrativo.
Il contenzioso tributario compie i suoi primi passi nel verbale che viene redatto dall'ufficio durante la fase di accertamento doganale. Il verbale non può essere impugnato autonomamente, ma deve recare l'indicazione di avvalersi di termini previsti dallo statuto del contribuente.
Questi è autorizzato a depositare le proprie osservazioni difensive entro sessanta giorni dalla notifica del verbale. Nel caso di mancato accoglimento, al verbale può seguire l'accertamento con la relativa pretesa tributaria. Tale atto è impugnabile dinnanzi alla competente commissione tributaria provinciale entro sessanta (60) giorni dalla notifica.
In casi eccezionali, gli Uffici delle dogane possono anche irrogare la sanzione con effetto immediato, nell'ipotesi in cui vi sia una violazione legata direttamente al pagamento del tributo; in questi casi, è possibile essere ammessi al pagamento agevolato pari ad un quarto (1/4) dell'importo irrogato nell'atto, qualora il pagamento avvenga entro il termine di sessanta gg previsto per proporre ricorso. Naturalmente, se si sceglie il pagamento agevolato, non si può più esperire il ricorso e lo stesso definisce la vertenza. In caso l'autorità doganale dubiti della conformità del provvedimento impugnato, può sospenderlo e, in tal caso, può richiedere al debitore di prestare una garanzia.
Nell'avviso di accertamento vi è un termine di grazia di dieci giorni per il pagamento, trascorso il quale il procedimento viene iscritto a ruolo.
In alternativa, entro trenta giorni dalla notifica dell'avviso è possibile ricorrere ad una fase intermedia di contenzioso amministrativo ex artt. 66 e ss. del Tuld come prevede il contenzioso doganale; procedimento utile anche per contrastare le ordinarie contestazioni che possono sorgere in fase di accertamento doganale.
Ex art. 22 D.lgs. 374/90, divenuto definitivo l'accertamento doganale, formalizzato nella bolletta doganale, è possibile esperire i rimedi in sede civile (tributaria) o amministrativa entro sessanta gg.